국가안보 현장에서 경륜을 쌓아 온 공공기관 출신 전문가와 대학·사회·연구단체에서 학문적 담론을 선도하고 있는 학자 등이 함께 모여, 대한민국의 안보와 통일, 한반도 미래 문제 등을 심층 탐구하는 ‘學·硏·公 합동의 안보통일 학술연구단체’로서 2016년 5월 25일 서울 세종로 소재 프레스센터 국제회의장에서 창립되었다.

창립 당시의 명칭은 ‘안보통일연구회’였으나 2020년 정관을 새로 제정하여 ‘국가안보통일연구원’으로 명칭을 개정하였다.